植物含有直接或間接涉及光合作用的許多不同的分子，這也可能賦予植物的顏色。例如，在菠菜中發現的葉綠素分子的混合物吸收幾個可見光的多個波長，藍色範圍（400-500nm）和黃色範圍（600-700nm）中具有明顯的吸收峰。未被吸收的可見光的組合出現為綠色對人眼。葉綠素在其結構中含有卟啉環，中心具有鎂離子。卟啉環占分子的大部分吸光度。葉綠素被發現在植物葉綠體的囊體板中。

Carotenoids，在染色體上產生的輔助顏料，在植被中觀察到許多顏色有關。有數百種不同類型的類胡蘿卜素。胡蘿卜得到他們的顏色，這通常是橙色，但不限於胡蘿卜素的橙色。Carotene是幾種也通過名稱的化合物的姓氏萜烯.。

另一種類型的類胡蘿卜素植物顏料稱為花青素。紅甘藍的紫色顏色和血橙的肉體的生鏽紅色是花青素存在的結果，這也具有在pH的變化變化的顏色變化的性質。花青素吸收紫外線，植物使用植物進行兩種重要功能：吸引增強授粉的昆蟲，以及作為“防曬霜”，以保護植物細胞的其他部分如DNA免受有害的紫外線輻射。

葉綠素是熒光物質。熒光物質可以吸收一個波長的光，然後重新啟動新的和較長波長的光。如上可以看出，如圖1所示，葉綠素吸收在可見光譜的紫色和藍色區域中的光。如果紫色或藍光通過菠菜提取物樣品閃爍，則溶液以紅色的顏色變為紅色。紅顏色的強度是葉綠素在樣品中的指示。